다음 마을에 향하려다가 길을 잃은 지우일행은 공연단인 이자벨의 가족에게 도움을 받는다. 사실 이들은 포켓몬 레인저 잭을 도와서 마나피의 알을 보호하고 있었는데, 이 알을 팬텀이라는 해적이 노리게 되고 지우일행도 이 일에 휘말리게 되는데 이 도중 알에서 마나피가 태어나 봄이를 엄마처럼 따르게 된다. 그리고 지우일행은 마나피를 도와주기 위해 잭과 동행하게 되는게 주요 스토리.
루기아의 탄생 이후 정말 오랜만에 국내에 상영된 극장판. 일본과 사실상 동시 개봉이라는 그동안 전례가 없었고 앞으로도 없을 일이 일어났다. 당시 포켓몬 극장판이 TV에서 쭉 방영되는 등 열기가 높아진 상황에서 흥행을 고조시키기 위해 결정한 일인듯 하다.
그리고 전편에 이어 4세대 포켓몬이 선행 등장했다. 4세대에서도 환상의 포켓몬인 마나피와 더불어 플로젤의 진화 전 형태인 브이젤, 페라페, 만타인의 진화 전 형태인 타만타도 이 작품에서 영상으로 최초 등장했다. 당시 일본에서 일요일 아침에 방영되던 '포켓몬 선데이' 에 출연하던 '로바토' 라는 3인조 코미디언 그룹이 직접 한국에 와서 한국어로 한국판 영화 더빙에 참여하기도 했다. 이 과정은 '포켓몬 선데이'에서 방영되었다. '바다의 왕자'라는 타이틀 때문에 종종 이 사람과도 엮이기도 한다. 영화를 보면 마나피 카드를 줬었다.